POP3 e IMAP son dos protocolos que permiten acceder al correo pero que ofrecen distintas posibilidades. A continuación se enumeran algunas de las diferencias entre ellos:
POP3 descarga mensajes completos mientras que IMAP permite descargar primero las cabeceras de los mensajes y luego sólo aquellos mensajes completos que se desee, lo cual suele permitir reducir el tráfico entre cliente y servidor.
POP3 es un protocolo soportado por prácticamente todos los clientes de correo, mientras que IMAP no (aunque los clientes de correo modernos más conocidos tienen soporte para IMAP).
IMAP permite definir diferentes carpetas y guardar mensajes en ellas, mientras que POP3 solo «reconoce» una única carpeta: la carpeta de entrada o INBOX. Además esas carpetas residen en el propio servidor, no en el ordenador del usuario, con lo cual sea cual sea el ordenador desde el que se acceda al correo esas carpetas estarán disponibles (eso sí: SOLO ACCEDIENDO POR WEBMAIL O POR IMAP, ya que si se accede por POP3 no se tiene acceso a ellas)